Desktop Tower Defense dimainkan di peta yang menyerupai desktop kantor. Pemain harus menghentikan sejumlah musuh, yang dikenal dalam genre tersebut sebagai "creep", agar tidak mencapai titik tertentu di medan permainan. Ini dilakukan dengan membangun dan meningkatkan menara yang menembak, merusak, dan membunuh creep musuh sebelum mereka dapat mencapai tujuan mereka. Tidak seperti banyak game menara pertahanan lainnya, jalur creep sendiri tidak ditetapkan; sebaliknya, menara yang dibangun menentukan jalur creep, yang mengambil jalur terpendek yang bisa mereka temukan menuju pintu keluar. Game ini tidak memungkinkan pemain untuk membuat pintu keluar sama sekali tidak dapat diakses, tetapi strategi utama berkisar pada memandu creep ke koridor yang panjang dan berliku-liku.