Seorang penyihir wanita muda sedang mengumpulkan permata untuk kekuatan sihirnya di hutan sihir yang gelap dan suram. Dia harus mengumpulkan permata ajaib yang mengandung elemen seperti api, tanah, air, dan petir. Kamu harus membantunya mengumpulkan permata ini, tetapi kamu hanya memiliki 100 langkah untuk menyelesaikan semua tujuan. Dengan setiap tujuan yang diselesaikan, kamu akan naik level dan mendapatkan lebih banyak poin. Jewel Mysteries adalah permainan yang sangat berorientasi pada skor tinggi dengan tujuan dan langkah terbatas. Kamu harus menghilangkan permata dengan mengklik kelompok 3 permata atau lebih. Jika kamu membuat kombo beruntun sebanyak 7, kamu akan masuk ke mode BURST permata. Dalam mode BURST permata kamu akan mendapatkan poin ganda.